בניגוד לעמדת הבנק העולמי: המשרד להגנת הסביבה קובע כי הפיילוט של תעלת הימים מחויב להיעשות בתחום מוגדר בכדי למנוע קטסטרופה אקולוגית בלתי הפיכה

המשרד להגנת הסביבה: תעלת הימים תהווה סכנה לים המלח

המשרד להגנת הסביבה נגד הבנק העולמי: לקראת שימוע שייערך בבנק העולמי ביחס לתוכנית תעלת הימים, משחררים במשרד להגנת הסביבה חוות דעת מקצועית שקובעת כי הנסיון לבצע את תחילת תהליך הקמת התעלה כפי שהוצע, עשוי להוות פגיעה דרמטית בים המלח, עד כדי הפיכתו למפגע בלתי הפיך.  הבנק העולמי מקדם את הפרויקט, במסגרתו יוקם מתקן התפלה עבור הירדנים שיתפיל את מי הים האדום ואילו התמלחות יוזרמו בהיקף נרחב לים המלח. במשרד להגנת הסביבה מבהירים כי מחקרים שנעשו על ידי גיאולוגים קובעים כי הזרמת מי ים ותמלחות לים המלח בהיקף המוצע, עלולה להביא להתפרצות של חיידקים ואצות שיצבעו את הים באדום וישחררו מימן גופרתי לאוויר, דבר אשר יגרום למפגעי ריח קשים. בנוסף, הזרמת תוצרי הלוואי של ההתפלה (תמלחות) לים המלח תביא ליצירת גבס במים. 

"תהליכים אלה יביאו לכלייה מוחלטת של הים ויהרסו כליל את התיירות באזור. גם בדוחות הבנק עצמו מתואר חוסר ודאות נרחב באשר להשלכות ביצוע הפרויקט בהיקפו המלא ועל כן המשרד להגנת הסביבה מתנגד לביצוע הפרויקט בהיקף זה ובאופן מיידי מבלי לבחון את ההשלכות בשטח" לשון הודעת המשרד. 

המשרד להגנת הסביבה אינו מביע התנגדות נחרצת לעצם הזרמת מי הים האדום לים המלח אך סבור שיש להפוך את הנסיון הראשוני לפיילוט מצומצם ובתוך שכך לבחון את היתכנות הפרויקט תוך נקיטת צעדי הזהירות המתבקשים. לטענת המשרד, פתרון מוצלח יכלול את העברת התמלחות באמצעות צנרת מוגבלת בהיקפה למתחם סגור ומבוקר בדרום האגן הצפוני של ים המלח ובה יתאפשר לבחון במדויק את ההשפעות הסביבתיות של המהלך. "מהלך זה יספק ודאות רבה בהרבה לגבי תהליכים הנחזים כיום רק במודלים חישוביים. ביצוע הפיילוט יאפשר הזרמת כמויות מים גדולות יותר בעתיד והצלה של הים במהלך אחראי. לא ייתכן שכליית הים והמערכת האקולוגית, כפי שאנו מכירים אותה, תתבסס על שיקולים כלכליים בלבד". 

מעבר לעיון בנושא תעלת הימים, מתייחסים כותבי הדו"ח למפעלי ים המלח המנצלים את משאביו ומזהירים כי "לאור ההתדרדרות ההולכת וגוברת של ים המלח וסביבתו, אופן הפקת המחצבים מתמיסת ים המלח על ידי תעשיות הכימיקלים, הן הירדנית והן הישראלית, אינו יכול להמשך במתכונתו הקיימת (הכוללת שאיבת מי גלם מהאגן הצפוני ואידויים באגן הדרומי), והמפעלים יאלצו לבחון חלופות טכנולוגיות להתייעלות, תוך הפחתה משמעותית בכמות מי הגלם הנשאבת לאורך השנים".